《第95集--合體忍者大魔人》：
在木星山地區陸續發生了一些離奇的死亡事件，南宮博士認為可能和當地的忍者有關，於是派曾去過那裡的珍珍去調查。原來多年前，珍珍就是在這裡撿到阿丁，當時阿丁只有3歲，於是珍珍收養了他，連"阿丁"這個名字也是珍珍為他取的。

 
阿丁想要找尋自己的身世，於是也來到了木星山，並遇到了一位老忍者。老忍者告訴他，8年前，大頭目來到這裡，並收服了忍者軍團為惡魔黨效命。不願為虎作倀的老大一家人就被殺了，但當時年僅3歲的兒子卻失蹤，不過老忍者並沒有證實阿丁是不是老大失蹤的兒子就死了。
鐵雄、大明、阿龍也趕來木星山，遇到了忍者軍團的攻擊，幸好後來和珍珍、阿丁會合後，5個人用龍捲風才打敗敵人，大頭目也知難而退了。
然而，老人臨死前所說的話："把故鄉放在自己的心裡就可以了"。終於讓阿丁對自己的身世得以釋懷。

《第96集闖進惡魔黨的總部》：
國際科學技術廳在大峽谷發現了異常的爆炸，也撿到了一部份機械，南宮博士判斷該處有惡魔黨的基地，且極有可能是其總部的所在，於是派遣小飛俠出動調查。

由於該處地勢險峻，鳳凰號無法進入，於是留下阿龍看守鳳凰號，其餘四人用橡皮艇沿著河往上游前行。不料突遭伏擊，讓原本設下陷阱的惡魔黨也大吃一驚，搞不清是敵是友。原來這位第三者因不滿戰爭破壞了他的海底牧場，因此想毀掉惡魔黨與小飛俠。

鐵雄、大明、珍珍和那個年輕人一起被捉住，緊要關頭年輕人終於醒悟小飛俠不是壞人，而打開了機關逃出，最後大家一起摧毀了惡魔黨的基地，小飛俠們也為在這場戰爭中無心所造成的損害向年輕人道歉。

《第97集--沒有明天的太空船~雷歐納3號》：

南宮博士主導的太空發展計劃即將實行，由兩位年輕的太空人所駕駛的太空船—雷歐納3號終於順利發射升空。沒想到發射典禮結束後，南宮博士即被假扮成總統的大頭目所綁架，而雷歐納3號也被惡魔黨動了手腳脫離了軌道，直逼地球而來，於是安達長官請求小飛俠們協助尋找南宮博士。

大頭目將南宮博士囚禁在核能研究所，並故意讓他發出電波誘導小飛俠前來。原來雷歐納3號也即將墬落在這個核能研究所，屆時整個國家都將會被核爆所毀滅。脫險而出的南宮博士表示為了數百萬人口，不得不犧牲那兩位太空人，但沒有人下的了手。最後，激憤的鐵雄還是痛苦地按下了火鳥飛彈的發射鍵，而粉碎了惡魔黨的陰謀。

《第98集--球型鐵獸葛瑞普彭巴》：

 惡魔黨出動了新的鐵獸用亞硫酸炸彈攻擊城市，造成龐大的傷亡。大明在趕往和鳳凰號會合的途中，因頭部暈眩而不小心撞到了一位老婦人，基於道義他送老婦人回家，卻延誤了會合，導致其他小飛俠和鐵獸戰鬥時發生危險。

回到南宮博士別墅中的大明，面對大家的關心卻不願說明原因，且和南宮博士頂嘴。表面上南宮博士派他獨自潛入惡魔黨基地帶回被利用的科學家麥克羅，暗地裡也請鐵雄他們隨後跟進協助大明。

大明在和麥克羅爭執的過程中又發生了暈眩狀況，幸好鐵雄趕上化解了危機，而麥克羅也認清了大頭目的真面目願意改邪歸正。雖然任務順利完成，但大明卻對自己的身體健康情形惡化的事實感到憂心忡忡……

《第99集--傷痕累累的二號大明》：

 科學小飛俠跟蹤大頭目到了一個秘密基地，大明想要發射火鳥飛彈，卻因為發生暈眩而無法瞄準，只炸燬了基地的頂端。當他們5個人進入秘密基地時，卻陷入無名主宰設下的陷阱，鐵雄想要用龍捲風逃出，但大明卻支撐不住而頻頻出狀況，於是被鐵雄命令回鳳凰號休息。

無名主宰又引誘小飛俠們進入了一個鑽孔機，並將鑽孔機發射朝地底岩漿而去。鐵雄急召大明發射火鳥飛彈擋住鑽孔機，4個人連忙趁機離開。歷劫歸來後大家都稱讚大明的射擊技術和駕駛技術，只有鐵雄看著大明，隱約覺得事情不太對勁….

《第100集--二十年後的小飛俠》：

國際科學技術廳在開發『地幔計畫』的同時，也發現了一種利用太陽能源的方程式，但因現階段的科學力量尚無法善用此方程式，而又怕它落入惡魔黨的手中反而變成可怕的武器，因此決定由鐵雄護送發明此方程式的科學家將它埋在北極的地下。

他們所撘乘的飛機來到北極的上空時意外失事墬落，鐵雄和博士醒來後，發現世界已經被惡魔黨所統治，時間則已經經過了20年。惡魔黨的科學家還帶他們四處參觀，原來鐵雄他們失蹤後，惡魔黨終於打贏了小飛俠，大明、珍珍、阿龍也都死了，南宮博士則發瘋了。地面的世界一片殘疾，只有惡魔黨的地底世界才是高科技的社會。惡魔黨苦心佈置這一切其實還是為了要得到那個方程式，幸好最後鐵雄和博士兩人都發現了破綻，而召集其他小飛俠同來破壞了基地，也順利地將方程式埋在地下。

《第101集--機械巨蟒可布拉》：

鐵雄發現大明最近的行為很奇怪，好意關心卻只得到冷冷的回應，兩人一言不合就打了起來，突然響起南宮博士的緊急召喚，讓兩人連忙趕去集合。原來是ISO發現發訊電波被攔截，機密資料可能被惡魔黨竊取了。

南宮博士要鐵雄和珍珍到ISO裡面找出間諜，臨走時，大明將他的空氣槍借給鐵雄防身，卻偷偷藏了小型發報器在裡面。鐵雄和珍珍在ISO的屋頂找到了惡魔黨的直昇機，不料被帶回了基地且斷了音訊。他們雖拿回了資料，但卻沒有拿回拷貝，而想逃出基地卻又發現置身在一片無處可躲的大沼澤。雖然他們英勇戰鬥卻仍然被抓住，千鈞一髮之際(當惡魔黨的槍瞄準珍珍的時候)，大明循著發報器趕來救出了他們，並獨自駕著G-2跑車毀掉了巨蟒可布拉。由於過程非常順利，身體也未出現異狀，大明心想自己的身體也許已經恢復正常了…..

《第102集—揭開大頭目的秘密》：

大明想了解自己的身體到底出了什麼問題？但又不敢去找大醫院，怕被南宮博士發現而不能再當科學小飛俠，於是他偷偷地找了一間小診所檢查身體。惡魔黨出動鐵獸攻擊城市引出小飛俠來，但南宮博士卻不見蹤影，大明也失去聯絡。原來大頭目偷偷地觀察南宮博士很久了，趁著小飛俠不在時派人將南宮抓走。

大明正好回診所看報告，發現了大頭目，於是跟蹤她找到了惡魔黨的基地。不過，他卻中了大頭目的圈套，被高週波槍射中而現出了本來面目，幸好鐵雄他們及時趕到，救了大明和南宮博士。當鐵雄抓住大頭目想看他的真面目時，南宮卻說出了大頭目的秘密：原來他本來是一男一女的雙胞胎，尚未出生前即被無名主宰用超能力變成了一個雙性人，並擁有常人2倍的智力，還可以隨自己意志變男或變女。大頭目後來還是逃走了，那一瞬間，鐵雄突然覺得很同情他(她)，因為，他(她)和全世界的人一樣，同樣都是受無名主宰捉弄操縱的可憐人….

《第103集—以生命當賭注的G-2號大明》：

惡魔黨發現大明的真面目之後，趁他落單時將他抓走，並要脅他說出其他小飛俠的身分。大明堅不吐實，並頑強抵抗，卻還是因為身體虛弱的關係而成為階下囚。大頭目原本想留下他的性命來要脅其他小飛俠，於是吩咐手下將他帶到『十字˙卡拉克洛姆』，但大明還是成功地逃走了。

逃走後的大明，因為昏倒在路旁被送到醫院，而被檢查出腦部有舊傷和碎片，可能只剩下7~10天的生命(電視中的翻譯為須觀察7~10天，頗有出入)，南宮博士命令鐵雄他們出動調查大地震的原因，卻要大明留下來為他檢查身體，大明不想浪費時間，獨自來到了『十字˙卡拉克洛姆』，終於找到了惡魔黨的總部！被惡魔黨重重包圍的大明，雖英勇地奮戰著，不料一顆子彈無情地穿胸射過….

另一方面，鳳凰號也被深海鯰魚怪物糾纏住無法脫身，地球各大都市則被一波波不明原因的地震造成了慘重的災情。到底地球發生了什麼事情呢？

《第104集—魔鬼的黑洞計劃》：

位於遙遠的安德列星雲中的”色列斯特星”突然消失了，這原本和地球毫無關係的事情，卻讓無名主宰改變了它的黑洞計劃—利用中子核爆的力量，讓地球產生由核心向內強力收縮的引力，最後，整個地球都會不見，只剩下俗稱為”黑洞”的太空陷阱…..

一直相信無名主宰的大頭目還在做著征服地球的美夢，在奄奄一息的大明面前得意洋洋地顯示自己的勝利，氣憤的大明朝大頭目射出羽毛鏢，卻被他躲過，羽毛鏢射中了計時器而被吸進了電腦系統中。紅色衝擊隊僅存的兩名隊員正木與鬼石也混進了惡魔黨總部，並用大明的手環通訊器發出電波讓鐵雄他們前來救援，不過，他們兩位卻都不幸殉職了。

一發又一發的中子彈，仍按著無名主宰的計劃朝著地心深處前進並爆炸，造成整個地殼的劇烈變動，人們陷入水深火熱的處境，死傷不計其數。到底小飛俠能不能順利阻止無名主宰的陰謀而拯救整個地球呢？!

《第105集完結篇—地球毀滅002》:

鐵雄要大家分散開來尋找惡魔黨總部的入口，大明撐著一口氣射出了最後一支羽毛鏢救了珍珍，告訴大家秘密入口就在這下面，並和大家訣別後即昏迷了過去。鐵雄堅持大家都去阻止『黑洞計劃』，並將自己的武器迴旋鏢交給大明，希望它能代替他，就毅然決然地帶著大家進去找大頭目。

大頭目還執迷不悟地要小飛俠投降，無名主宰現身坦白地說：因為自己所住的色列斯特星球已經消失，他要回去調查原因，離去之前要將已經沒有利用價值的地球毀滅。大頭目才恍然大悟自己被騙了許多年，當無名主宰離去後，他即絕望地跳下岩漿自殺身亡。

珍珍用盡方法都無法停止中子彈的設定裝置，鐵雄決定要跳進去機器中破壞它，珍珍阻止他去做無謂的犧牲，關鍵時刻，大明原先被絞進去的羽毛鏢破壞了齒輪，產生了連鎖的反應，終於打亂了中子彈的發射軌道，而拯救了地球。地球終於恢復了和平，但是當離去的無名主宰發現地球並未滅亡時，是否又會有更大的陰謀來報復呢？

4劇情摘要 - 第95 ~ 105集