總裁X回來了！而且手段更殘暴。它首先攻擊瑪格麗特號客輪，殺害大部分乘客只為了要偷一個小女孩，並用快速成長的方式讓她變成大人而成為惡魔黨新的大頭目—杜蘭沙， 藉由杜蘭沙來擄掠科學家們和奪取許多世界各國的軍事機密，惡魔黨的組織又日漸壯大起來。有鑑於此，ISO與南宮博士商量對策，他並且宣布科學小飛俠在經過了2年的休養生息後又回來了，並取名為旋風小飛俠，正在接受新的訓練和武器的使用，但已經失去了G-2號。於是南宮博士決定由一位情報部的歐俊來取代大明.

 杜蘭沙快速成長

歐俊誘導旋風小飛俠們一步步踏入陷阱

另外，南宮博士在海底建造了一座新的海底基地命名為G-Town，來作為旋風小飛俠新的根據地。有情報顯示惡魔黨在Eston Island活動的跡象，於是南宮博士命令旋風小飛俠出動去探查。但歐俊居然是惡魔黨派來的間諜，當他將小飛俠們誘導進入一間有陷阱的廟時，佛手怪獸出現了，它發射出的雷射光能追蹤燒毀任何會動的物體，旋風小飛俠們簡直動彈不得….

佛手怪獸發射出雷射光

旋風小飛俠們苦思對付的方法

    正當旋風小飛俠們無計可施時，突如其來的爆炸將佛手怪獸炸燬。莫名其妙解除危機的小飛俠正要追尋歐俊時，卻意外發現他已被一支羽毛鏢射中咽喉而死。一個神秘影子和腳印將他們引導至一個地下洞穴並發現了惡魔黨的秘密基地，杜蘭莎正要發射飛彈炸燬ISO。旋風小飛俠們想要阻止她並進入個人的交通工具中突襲。

歐俊被羽毛標射中而死，是誰幹的？

一個熟悉又神秘的影子將他們引導至地下洞穴

因為旋風小飛俠們的攻擊，惡魔黨的發射計畫宣告失敗。但鐵雄的老鷹號也在戰鬥中墬毀於森林中，當鐵雄因受傷而神智不清時，卻聽到了大明的聲音…

鐵雄恢復意識後，一個自稱是羅菲博士的男人宣稱是他救了他。他曾是惡魔黨的科學家，但早已脫離惡魔黨。阿丁赫然發現他的側面很像大明，也許這就是鐵雄所看到的錯覺吧？

鐵雄似乎在熊熊烈火中聽到了大明的聲音

當鐵雄醒過來時，他看到的是羅菲博士

某人潛入惡魔黨總部並輾轉送出惡魔黨在San Frangeles建造了一座巨大基地的情報給旋風小飛俠。鐵雄和其他人都被錄音帶中熟悉的聲音而困惑不已—那絕對是大明的聲音。

惡魔黨用黑色盔甲軍隊來劫持鈾元素

鐵雄發現這些黑色盔甲軍隊是囚犯所裝扮的

另外，一列裝滿鈾元素的火車被惡魔黨的黑色盔甲軍隊所劫持，旋風小飛俠馬上出動解救，另一方面，有人送出一系列的神秘線索引導他們發現了惡魔黨的秘密基地隱藏在白楊監獄中。旋風小飛俠用龍捲風脫困，但少了一個人，力量不夠，他們幾乎在這個基地中送命--還好被一位神秘人物救出！他難道是大明嗎？但大明已經在2年前死了…

旋風小飛俠用龍捲風脫困

一位神秘人物救了旋風小飛俠並將他們送回ISO

 惡魔黨在Amelia的邊境沙漠下建造秘密基地，因機械失誤穿透地層引起高達芮氏9.2級一系列破壞性的地震，附近的城市因此幾乎全毀。旋風小飛俠使用一個鑽孔機深入地層並用超級電腦來分析狀況，因過於認真沒有察覺惡魔黨的埋伏而被突襲，再一次一位神槍手反擊惡魔黨救了他們。珍珍堅持那是大明，但鐵雄不相信她。

旋風小飛俠被神秘的神槍手所解救

大明回來了？首先阿龍和阿丁熱情的歡迎他

南宮博士表示唯一解救之道是使用兀鷹號跑車深入地下，並發射飛彈將被破壞的地層撞回原處。但由誰來駕駛兀鷹跑車進行這項危險的任務呢？正當南宮博士和鐵雄兩人僵持不下時，大明出現了，並勇猛的駕著G-2號進入地層中…

然後是珍珍…

鐵雄則是和他交過手後才確定他是大明

位於Fruginia叢林中的一個小村落被原始人的破壞所毀。這些類似尼安德塔人的原始人馬上又攻擊了200公里外的國家--Amehon, 原來他們都是從Fruginia 來的移民，被惡魔黨用一種神秘的液體所變成的。其中包括了鐵雄他們稍早在港口邊認識的 Toro夫婦和他們的小孩--Shiro,

旋風小飛俠正快樂的騎車出遊…

珍珍發現了一位名叫 Shiro的迷路小孩，並找到了他的爸爸Toro和他的媽媽

正當旋風小飛俠設法阻止他們時，惡魔黨的機械鐵獸又用更邪惡的光線讓這些原始人變得更暴力四處破壞，而旋風小飛俠卻因不忍心與被控制的原始人對抗而只能消極抵抗，後來，Toro因為與Shiro間的父子天性不忍心殺他而抗拒邪惡光線，導致迴路短路引起惡魔黨鐵獸爆炸，粉碎了惡魔黨的陰謀。

鐵雄駕駛G-1射擊惡魔黨的飛機投入化學物質於水中

原始人Toro因為不忍心殺害自己的兒子，導致邪惡光線失去作用而反激至鐵獸

在 Road Island南部，來往船隻和飛機遭受攻擊的事件持續發生，原因不明。旋風小飛俠們猜測也許和島上的一個實驗性城市 Egypt有關。這個城市是為了解開埃及金字塔之謎而建造的。阿丁獨自至Egypt展開調查，認識了領導發展這個金字塔系統的Dr. Sugata的可愛小女兒Yukari。而Dr. Sugata正私下與惡魔黨勾結希望藉助惡魔黨的力量幫助他控制Egypt。

阿丁遇見Yukari

旋風小飛俠抵達Egypt

當這個系統開始啟動時，原本藏於島上火山裡面的一個巨大的金字塔出現，它從其它的小金字塔吸取能量，並摧毀了這個城市造成參加開幕式的貴賓和人員們的傷亡，就連Dr. Sugata的女兒也幾乎被殺。他請求杜蘭莎停止卻被拒絕，於是他終於明白他犯下了一個大錯。 他告訴旋風小飛俠金字塔的弱點，於是旋風小飛俠用『火鳥功—火影分身』成功的牽制住金字塔，並將它爆破。

『火鳥功—火影分身』牽制住了金字塔的力量

當事件落幕後，Sugata尋找他的女兒

總裁X的聲音響起：〝杜蘭莎，妳看到了我從外太空帶回來的植物Redda正被秘密培養著？〞一位名叫 Harry的男孩子偶然間撿到了一粒Redda的種子，並將它種在家中。 不料 Redda快速長大並攻擊他和阿丁，還好馬上被Harry所飼養的毛毛蟲吃掉了。一旦Redda培養成功，惡魔黨馬上將種子四處散播，並破壞了 Newshington的城市。.

阿丁和 Harry被Redda所襲擊

然後被毛毛蟲吃掉了

這些城市瞬間變成了恐怖叢林。當用火攻和刀砍都無效後，阿丁建議用它的天敵—燕尾鳳蝶的毛毛蟲來吃掉它。收集了大量的毛毛蟲並將它們灑入城市中，Redda漸漸的被吃掉並迅速枯萎而解除了危機， 旋風小飛俠們並摧毀了惡魔黨的基地。而燕尾鳳蝶的毛蟲們吃了Redda迅速長大並羽化成蝶後,就集體飛向大海並因基因突變而死亡了。

旋風小飛俠們起先不相信阿丁的話…

但最後還是採用阿丁的建議用毛毛蟲解救了Newshington的危機，並駕著個人的交通工具摧毀了惡魔黨的基地

惡魔黨因為要從他們的月球基地對太陽從事陰謀活動，而要除去障礙，因此而發生了一連串包括火星觀測船、通訊衛星和氣象觀測站等失蹤事件。南宮博士派珍珍和阿丁登上一艘觀測的太空船進行調查。

阿丁犧牲自己被惡魔黨抓走而讓珍珍帶著資料逃出求救

新鳳凰號發射進入太空

當太空船遭受攻擊時，只有珍珍順利逃出，但也因此得知惡魔黨的秘密基地藏在月球上。大明用珍珍發明的小型太空船—Swanboat試圖從黑暗堡壘的廢棄物排出口進去裡面，經過一次失敗後第二次終於成功，並解救出了包括阿丁在內的其他被挾持的人質。最後他們用火鳥功逃出了惡魔黨的月球基地並將它爆破。

大明正要潛進惡魔黨的黑暗堡壘

中

燃燒的火鳥穿透了黑暗堡壘並將它爆破

杜蘭沙預備用〝超集冷凍飛彈-海虎〞來對付旋風小飛俠。總裁X對杜蘭莎許多次的失敗已漸漸失去了耐心，並指責她的狂妄自大，看輕旋風小飛俠將讓她重蹈大頭目的覆轍。經過一些回顧以前的片段，讓觀眾回憶起大頭目的命運。

杜蘭莎驕傲的展示海虎

大明用他的身體讓高壓電流通過來施展火鳥功

惡魔黨一直對於其進步的科技能力非常自豪，杜蘭莎更是有信心能打倒旋風小飛俠。後來，新鳳凰號在北極與惡魔黨戰鬥中被冰山封鎖住，鐵雄欲使用火鳥功來突圍，但G-2號車因電路受損無法連線，大明表示他有辦法而堅持鐵雄開始使用火鳥功，當大明回到控制室時，除了手套破損之外並沒有受傷，珍珍至G-2號停機坪檢查後，發現大明使用的唯一的方法是讓電流穿過他的身體來做連結—但普通人如何能承受幾萬伏特的高壓呢？

大家都驚訝的看著大明破損的手套

看了大明的手和這些高壓電線後，珍珍懷疑有些事不對勁….

位於南太平洋上的小島上的氣候突然劇變，上萬人被突發的暴風雪凍死或病死。原來是惡魔黨運用磁帶刺激范艾倫帶導致氣候異常。阿龍單獨駕著G-5坦克進入暴風圈調查，但卻失去動力漂流到一個小島上，並且認識了一位名叫Rokko 的老漁夫。

阿龍必須留下重病的老人

新鳳凰號被磁暴風圈襲擊

阿龍從他的口中知道了惡魔黨的基地就件在前面的珊瑚礁中，並告知鐵雄他們趕來會合。雖然Rokko已因承受不住氣候的突變而快死了，但他們還是得留下他而去面對惡魔黨的攻擊。惡魔黨的磁帶攻擊讓新鳳凰號上的儀器都失去的作用，於是阿龍用Rokko留下的自製魚叉(沒有金屬製品)射中了發射磁帶的中央部位，並將其引爆。雖然小飛俠最後還是戰勝了惡魔黨，但他們還是挽救不了老人的生命。

惡魔黨的磁帶不但讓新鳳凰號動彈不得，連大明也受到了傷害。

阿龍利用Rokko做的魚叉綁上炸彈，射入磁帶的中心部位並將其引爆

鐵雄和阿丁行經沙漠時卻遇到車子故障，還好一位名Julia的女孩讓他們撘便車。她表示正好要去港口見她的哥哥Jeff，Jeff是在ISO的秘密單位擔任守衛工作。 但他們三人卻在港口被伊群機械烏鴉所攻擊，Julia 受了重傷，被送到醫院必須立刻開刀。總裁X迫切想得到一種新的核子元素Hypernium 600, 它的力量比舊有的盒子還強600倍！因此一直用烏鴉怪獸對附近的城市發動攻擊，除非得到新元素才肯罷休！

鐵雄和阿丁的車子在沙漠中拋錨了。

烏鴉怪獸正在攻擊他們！

Jeff 知道他們下一個攻擊目標是Kinzu市，而他的妹妹正在當地的醫院中接受開刀，因此他偷了Hypernium 600 出來想獻給惡魔黨。鐵雄及時趕到阻止了他，同時大明和其他人駕著鳳凰號找到了惡魔黨的秘密基地。沒想到所有的機械烏鴉集合了起來變成了一隻烏鴉怪獸，並包住了鳳凰號，千鈞一髮之際鳳凰號僥倖脫困，並炸燬了其基地 。Jeff知道自己犯了大錯，想以死謝罪，幸好被鐵雄阻止，而 Julia 的手術也很成功，Happy ending.

鐵雄及時趕到阻止Jeff將 Hypernium 600送給惡魔黨。

Julia 的手術順利成功，很快就可康復了。

世界各地的氣象台和觀測站接二連三地遭到不名幽浮的攻擊，加上許多太空專家也陸續遭到暗殺，就連南宮博士也想不出其中的關聯性。小飛俠們趕往保護南宮博士的好朋友 Kasshingu 博士，但已經太遲了，他用最後一口氣告訴南宮博士兇手是惡魔黨，目前只有羅菲博士所發明的跳動波頻或許可以破解惡魔黨的通訊密碼。大明聽到羅菲博士的名字，悄悄地離開了大家，獨自去找羅菲博士問個清楚。

小飛俠們趕到時 Kasshingu 已受到了攻擊。

大明前往見羅菲博士想問個清楚。

總裁X果然怕羅菲博士，因為只有他知道他的秘密！他發狂地要杜蘭莎利用逆向探行尋找跳動波的來源，來找出羅菲博士的基地！然後他又啟動了兩個國家的核子飛彈企圖引起核子大戰！羅菲博士自言自語著：「這場戰爭是因我而起的，我有義務阻止它！」千鈞一髮之際，羅菲博士命令大明駕著特殊飛彈在兩個核子飛彈間引爆，消弭了一場可怕的災難。

大明駕著特殊飛彈急忙趕去阻止核戰

大大鬆了一口氣的鐵雄。

大明偷偷潛入惡魔黨的秘密基地想要尋找總裁X，一位名叫Cathy的神秘女孩子突然出現在他面前，告訴他總裁X已經移到大頭目以前建的Vesuvio火山基地去了。南宮博士協助建造的新城市正好就在火山山腳下，總裁X看它不順眼，想用飛彈射入地幔破壞地層，並將這個城市毀滅。於是南宮博士發明了一種新的炸彈可以用來凝固被破壞的地幔。

珍珍說特殊炸彈的引信已經無法發揮作用了。

大明擊昏了鐵雄想要拿取特殊炸彈跳入地幔…

然而，小飛俠們遇到了惡魔黨的阻擾，並且特殊炸彈受到了衝擊，引信已經不能發揮作用了！大明想要用他自己跳進地幔中去引爆這個特殊炸彈。Cathy ，她也是一個再造人，並且她深愛著大明！趁著大明不注意時，她擊昏了大明並拿走了特殊炸彈，想要犧牲自己來完成大明的心願。臨走前，她對大明說：『與你在一起的時間雖然非常短，卻是我最美好的一切』。短短不到半天的戀情就這樣結束了，而大明卻連悲悼的時間都沒有，因為羅菲博士的話已經在他耳邊響起”你只有一個目標—就是摧毀惡魔黨，去吧！大明！”

Cathy 擊昏了大明，並取了特殊炸彈想要犧牲自己來代替他。

大明對Cathy的死感到傷心與難過。

一架神秘的幽浮陸續出現在各地，引起人們熱烈的討論。此外，半年前失蹤的客機突然出現了，但機上的乘客都失去了記憶。幽浮要求與國際科學技術廳的人接觸，於是旋風小飛俠保護南宮博士在南中國海上的一個隱密的小島上與他們會面。, 結果從幽浮中出來的是被認為早在一場與惡魔黨的戰役中身亡的Borg 中校。他還透露了一件令人吃驚的事：當他被幽浮中的外星人所救時，看到鐵雄的父親—紅色衝擊隊的隊長也在那艘幽浮裡面！

Borg 中校告訴鐵雄他的父親還活著

鐵雄看見父親的身影出現在幽浮中

當鐵雄聽到他的爸爸還活著時，他的心情激動不已，並馬上駕著G-1號去追已經離去的幽浮，不過卻追丟了。Borg中校趕上他，並帶他到幽浮的基地去。鐵雄果然看到父親的身影出現在幽浮中，他激動地跑上前去…內心一直掙扎的Borg中校終於忍不住，開槍射向紅色衝擊隊—原來這是一個陷阱，惡魔黨綁架了Borg中校的兒子，逼他騙鐵雄來到這裡。當他揭穿了惡魔黨的詭計時，卻也陷他的兒子於險境，千均一髮之際，幸好大明順利救出了他的兒子。這一整件事雖然讓鐵雄再次從希望的雲端跌到失望的谷底，但他堅強地承受著—他敬愛的父親永遠都會活在他的心中。

鐵雄和Borg中校等待著紅色衝擊隊從幽浮中出現。

大明救了Borg中校被綁架的兒子。

惡魔黨的巡弋飛彈意外墬毀在一座漁村附近，為了殺人滅口，惡魔黨將整座漁村的村民都殺害了。只有一個名叫Yuka的女孩因為當晚不在家而逃過一劫。旋風小飛俠們在漁村附近搜尋事故原因時，阿龍搭救了被追打的Yuka，因為捕魚回來發現家園殘破的漁民們認為只有她還活著，所以懷疑她是兇手。阿龍向村民們解釋事件的原委洗脫了Yuka的罪名，同時也喜歡上了Yuka。不過，Yuka喜歡的卻是瀟灑英勇的鐵雄，她謊稱有重要情報要告訴鐵雄而將他引到僻靜無人的海邊，並主動對他投懷送抱，不料被鐵雄很酷地拒絕了。Yuka覺得很受傷，躲在暗處看到一切的阿龍想要安慰她，當Yuka賭氣地說她的戒指掉在海裡時，阿龍馬上跳入海中想要幫她找回來！

阿龍喜歡上Yuka

Yuka 對鐵雄很有好感

阿龍當然找不到戒指！但是他發現了一顆很美麗的珍珠，同時，也發現了巡弋飛彈的一片記憶體沉在海底！他將珍珠送給了Yuka，她感動地說不出話來。當南宮博士分析這片記憶體時，發現飛彈原先是要去炸燬一座觀測站。當它失敗時，總裁X馬上下令再造一個飛彈，完成後並再度朝觀測站發射。鐵雄和大明欲進到飛彈裡更改其航道，卻進行的不順利，後來還是阿龍的幫忙才順利將其程式變更完成，轉而朝向惡魔黨的基地飛回去—準確無誤地炸燬了整座基地！ 藉由阿龍的真心，Yuka終於了解不能只憑外表看一個人，誠懇的內在才是最重要的。而離別的淚光，也映照在珍珠美麗的反射光澤之中…

當鐵雄進到飛彈中想要更改其程式時卻遇到了意外

阿龍救了鐵雄後兩人趕緊逃離飛彈

一名惡魔黨員偷了一份重要的資料並交給了ISO總部，為了解碼知道其中的秘密，而只有特殊研究所裡的儀器才有辦法做得到，於是大明接受了這個護送的任務。不料檔案上已被裝了發射器，不但讓惡魔黨追蹤而來攻擊大明，持續發射的電波更干擾了大明再造人身的腦波，使他頭暈目眩。雖然鐵雄他們幫他擋掉了惡魔黨的攻擊，珍珍並且跳入他的車裡想幫助他，不過一陣大暈眩還是讓他控制不住，連車帶人地衝向了山谷！ 〝到底是怎麼回事？我的身體應該是不會再出現這樣的情況才對啊…〞

惡魔黨員偷了檔案並逃出基地

大明再度感到頭暈目眩

當他陷入昏迷時，大明想起了他的過去…他看見父母被惡魔黨殺害時，氣憤地拿起了槍對著那名殺手，殺手冷笑著拋出了一朵玫瑰花，爆炸的花瓣一直在他的腦海裡盤旋；還有當他知道自己只剩下10天的生命時，他拼著最後一口氣找到了惡魔黨的總部，與隊員們告別後，靜待自己的死期，沒想到卻被羅菲博士帶走而將他改造為再造人身…大明最後被珍珍喚醒，回到現實後他想到了重要檔案—珍珍告訴他檔案沒事，不過他們兩人都受了傷，行動不便。大明突然發現檔案上裝的追蹤器原來是導致他頭暈的原因，而兩人馬上被尾隨而至的惡魔黨包圍了！珍珍用身體擋住了子彈救了大明，看到珍珍受了傷，氣憤的大明爆發出所有的能量，瞬間徒手將所有的惡魔黨徒擊倒，並炸燬了他們的坦克車。珍珍驚訝地看著這一切，她突然體悟到大明絕不是以前的大明了…然而他們的辛苦全白費了，因為就連特殊研究所也無法解開檔案的秘密。

羅菲博士在惡魔黨的總部救走了大明

當大明看到珍珍手中的檔案上裝有追蹤器時，突然知道了造成他頭暈的原因了。

ISO在海面上興建了一座實驗性的新興都市，取名為 Seatoland，不料卻遭受惡魔黨的水母怪獸襲擊幾乎全毀。掌管這個城市的人 Siski博士，請小飛俠出動調查此事件，但當他們到達時卻又拒絕與他們合作。原來博士的女兒-- Milly, 在攻擊時被惡魔黨捉去當人質，並威脅他交出所研究的可以增強能源的方程式，當他交出後，杜蘭莎卻又要他將旋風小飛俠騙到他們的海底基地來交換Milly。

Seatoland 正遭受水母怪獸攻擊

珍珍威脅杜蘭沙交出Milly

珍珍和Milly是從小就認識的好朋友。她無意間聽到杜蘭沙與Siski博士間的對話，知道了Milly還活著的事實。她不願其他人涉入險境，於是將鐵雄他們騙走，獨自和Siski博士到惡魔黨的海底基地。然而Siski博士在還沒到達基地時就襲擊她。當珍珍醒來後，她發現了杜蘭沙和惡魔黨的軍隊都在她面前，但是她還是打倒了杜蘭沙並要脅她交出Milly，然而Siski博士還是中彈了。鐵雄他們警覺到珍珍有危險而趕來，卻被水母怪獸纏住動彈不得。珍珍在惡魔黨的基地裡孤軍奮戰，非常英勇，杜蘭沙見阻擋不了她，於是引爆基地想讓她與基地同歸於盡，此舉卻同時也毀了水母怪獸，救了新鳳凰號，珍珍和Milly則在千鈞一髮之際脫困逃出。她們兩人互相鼓勵打氣，要將悲傷化為力量，繼續勇敢地對抗惡魔黨！

Siski博士臨終前請珍珍照顧Milly

珍珍對惡魔黨殺了Siski博士感到非常憤慨。

小飛俠們正休假在游泳，南宮博士表示需要珍珍去修理一艘太空船，當她臨時離開去拿工具時，她要阿丁幫忙按住一個安全鈕，但阿丁卻因為被一個機械人威脅而放開了按鈕。太空船無預警地升空，且因為尚未修復而無法操縱。阿丁和機械人扭打，卻發現她原來是一個女孩子—Sachiko， Sachiko 想念她長年在太空站中工作的父親，所以才偷偷潛入太空船想去找他。於是太空船朝著太空站前進並順利登陸。

小飛俠們難得享受悠閒卻又被南宮博士打斷。

阿丁被一個持槍的機械人所威脅…

但太空站中卻空無一人，原來惡魔黨已佔據了太空站並搜尋他們長年研究的有關地幔能源的資料，卻找不到。但利用阿丁和Sachiko 當人質，她的父親Arimura 只好乖乖地交了出來。幸好新鳳凰號及時趕到，並破壞了太空站的重力器，阿丁趁亂搶回了資料，杜蘭沙只能垂頭喪氣的空手回去見總裁X。

... 機械人卻變成了一個小女孩。

父女兩人都被搭救，高興地隨著小飛俠們返回地球。

在Oshia這個地方所有軍警通訊頻道最近總是被切斷，無法通訊。阿龍覺得大明最近的行為越來越奇怪，於是偷偷跟蹤他，卻發現他在Oshia不見了。然後阿龍也神秘地失蹤了，只留下一句"那是漩渦星雲嗎!?" 其餘的旋風小飛俠覺得一定又是惡魔黨搞的鬼，於是在Oshia 地區展開了調查。 總裁X的新武器—Galamoeba，正等著他們來自投羅網，雖然新鳳凰號火力全開抵抗，但還是被Galamoeba的漩渦星雲吸進了異次元空間中。

阿龍遭到 Gyarameba的攻擊。

大明駕著二號車來搭救阿龍。

當他們正想喘口氣時，卻看到了其他消失的人原來也在這個空間中。但他們都被洗腦了，惡魔黨利用他們來執行一項轉移太陽能源的計畫。而杜蘭沙宣佈再過20分鐘即會將旋風小飛俠們轉到另一個空間，讓他們永遠消失。當他們看見阿龍也在空間中漂浮時，大明駕著二號車去搭救他，其他人則計畫了一項大膽的行動—利用火鳥功來轉變空間能量試著逃離這裡！雖然最後他們成功了，而且爆破了恐怖的Galamoeba，不過隨著惡魔黨越來越進步的科技力量，他們所要面對的挑戰也越來越艱鉅了！

.. 大明遭受到許多流星的攻擊，全身都著火了…

阿龍看見大明能在火焰中來搭救他感到不可思議，對於他奇怪的行徑仍然不解…

在 Rizoto國的Tojo 島，突然遭受不明原因的地震而整個島沉入海底！旋風小飛俠出動並分開進行調查。當珍珍在附近的小島尋找線索時，被偽裝生還者的惡魔黨間諜偷襲，這位間諜並扮成珍珍的樣子跟著大家回到G-Town，潛入引擎室中裝設了引導裝置，將G-Town一步步引至惡魔黨設在海底的陷阱中。

珍珍鼓勵垂死的 Bill Douglas博士 一定要撐下去…

珍珍用計巧妙地逃出了惡魔黨的基地。

其實，這名間諜名叫Eva，她是G-Town的主要設計者 Bill Douglas 博士的女兒。惡魔黨騙她說旋風小飛俠為了保住G-Town的秘密，於是殺了她的父親滅口，所以Eva想毀滅G-Town為父親報仇。被惡魔黨抓走的珍珍，在監獄裡遇到一名被拷打的奄奄一息的男子-- Bill Douglas博士，他告訴珍珍他寧死也不透露G-Town的秘密，並請珍珍轉交一條貼身的項鍊給他的女兒Eva。當珍珍逃出了惡魔黨的基地並回到G-Town告訴Eva真相後，惡魔黨也展開了攻擊。悔恨不已的Eva為了保住父親辛苦建造的G-Town，潛入惡魔黨的基地將它爆破，卻也犧牲自己的性命。

被揭穿身分的Eva

珍珍逃回G-Town並告訴Eva事實的真相。

鐵雄被一位從前在航空學校同班的老同學Karl 三世邀請到他的豪華古堡中參加宴會。Karl目前是一位成功的企業家，旗下有近300家企業散佈在世界各地。但鐵雄的心情卻很沉重，因為他即將去證實傳言是否是眞的-- Karl 想征服全世界並建立一個屬於他的帝國！當鐵雄搜索Karl 的房間時果然找到了證據，不過被其未婚妻Lisa 發現了--Lisa 也是他們當年的同班同學。她不相信Karl有這樣大的野心，不過當鐵雄發現了一個秘密通道時，她還是好奇地跟了進去。兩人聽到Karl正在對他的軍隊訓話，同時也發現了他和杜蘭沙勾結--用地幔能量提升計畫向惡魔黨換取武器！

鐵雄駕機參加好友的宴會。

鐵雄詢問Lisa，Karl的近況。

鐵雄和 Lisa 還是被發現了， Karl 以為兩人背叛他而想處決他們，然而杜蘭沙也正想殺掉他好接收他的軍隊和武器，Lisa為了救他而被杜蘭沙所殺，Karl 知道自己錯了，生氣地朝杜蘭莎衝過去想要為她報仇，下場當然是和Lisa一樣！不過Karl臨死前按下了自動爆炸裝置。鐵雄眼睜睜地看著兩名好友死在眼前卻救不了他們，就連杜蘭沙也逃走了，只留下鐵雄對著滿目瘡痍憑弔著逝去的青春年代！

Karl 傷心地抱著為他而死的未婚妻

鐵雄激動地抓住殺了兩名好友的杜蘭沙…

世界各地的人類都遭受到不明原因的疾病感染，已經有近20000人死亡。同時偵測出有輻射線的散佈，因此旋風小飛俠出動調查事情的真相。阿丁和阿龍兩人一組，在Negiris高原遇到了3個小男孩，他們都是喜愛幽浮並且想要證實第三類接觸的可能性的人，他們告訴阿丁曾在這裡偵測到一些奇怪的電波和看到了類似總裁X的太空船。根據線索，阿丁和阿龍來到了史前巨石柱，不料出現了鐵爪將阿丁和孩子們捉了進去，阿龍趕緊回去向鐵雄他們求援。

阿丁和阿龍尋找輻射線的來源。

兩人遇到了3個在找幽浮的小男孩，並看到了疑似總裁X的照片。

他們想去救阿丁，卻被包圍住惡魔黨秘密基地的強力保護網所阻擋。然而，阿丁在基地裡已得知了惡魔黨的計劃，並用計騙杜蘭莎打開了牢籠，拿走了磁碟片然後捉住杜蘭莎當作人質而脫身。他派一個小男孩將磁片交給鐵雄，然後再回去救另外兩個小男孩。鐵雄他們得知原來惡魔黨的新武器是用地幔的能源加上太空的能源，雖然尚在開發階段但強烈的輻射線已經引起了許多人死亡。整個基地又有強力的保護網保護著，唯一的弱點就是當它要發射能源時，會打開一道出口來發射。於是新鳳凰號趁機攻入惡魔黨的秘密基地，一舉將這個邪惡的基地炸燬。(當然是當阿丁和另兩名小男孩平安逃離了之後)。

阿丁和孩子們被惡魔黨捉去並關了起來。

其中一個小男孩逃出並將磁片交給鐵雄。

在北極突然發生了強烈的地層活動，於是地質學家 Shimomura 先生前往北極去探險，但第三天即宣告失蹤，原來他無意間發現了惡魔黨的基地並因此而被殺害了。鐵雄聽到老師失蹤的消息很擔心，於是帶著其他隊員到北極來搭救，不過由於磁氣風暴的影響，新鳳凰號無法直達極地，不過他們找到了 Shimomura 先生最喜愛的愛斯基摩犬-- Makku，於是鐵雄決定獨自駕著雪車，和Makku一起出發去尋找他的老師。

Shimomura 想要投降，但還是難逃一死。

小飛俠們找到Makku, Shimomura老師的雪橇犬。

Makku 帶著鐵雄到 Shimomura 被攻擊的地方，因此鐵雄也發現了惡魔黨的基地。鐵雄急忙聯絡其他人，但因為磁氣風暴的影響，通訊完全不通，於是他只好自己潛進去。但杜蘭沙已經發現他了，並帶著大批惡魔黨來對付他。杜蘭沙並且按下飛彈發射鈕，幸好其他的隊員偷偷跟在鐵雄的後面及時趕到，不但阻止了杜蘭沙的陰謀，珍珍還設定定時炸彈炸燬了整座基地。鐵雄在基地外找到了Shimomura 老師的屍體，於是Makku 帶著Shimomura 老師朝極地而去繼續他們未完的旅程…

鐵雄和 Makku 衝進惡魔黨的基地。

小飛俠們看著一人一犬繼續朝極地而去，心中都很感傷。

惡魔黨測試他們所發明的太陽能武器所放出的電波，在Owari 城市這裡引發了許多異常狀況，電腦系統也癱瘓了，引起了一陣恐慌。 旋風小飛俠趕來調查原因，但當他們一靠近這個地區，就連小金機器人和新鳳凰號都完全失去控制。惡魔黨趁機出動滑翔翼部隊攻擊新鳳凰號，為了反擊，小飛俠們都飛出新鳳凰號迎戰，但是大明的情況很不好，甚至無法和敵人對抗，因為他的再造人的身體也承受不起這樣的電波威脅。

大明明顯地好像不太舒服。

惡魔黨出動滑翔翼部隊攻擊。

大明陷入了危險狀況並失去意識，羅菲博士出現並解救了他。當他醒來後雖然羅菲博士警告他，再回去電磁波圈的話會有生命危險，他仍然堅持要回去和其他人一同奮戰。後來，大明獨自潛入惡魔黨的基地，雖然強力的電磁波讓他很痛苦，他還是發射出一枚小火箭引爆了基地的控制系統。當整個基地爆炸時，新鳳凰號正好返回搜尋，並找回了大明。

大明不理會羅菲博士的警告。

強力的電磁波讓大明很痛苦。

一架從地球起飛的太空船突然遭受隕石的攻擊而墬毀。旋風小飛俠們趕到隕石墬落的海底，卻看到許多小機器人已先一步在蒐集隕石的碎片，是惡魔黨嗎？大明跟蹤他們發現他們不是惡魔黨，相反的，他們熱誠地以〝兄弟〞向他寒喧--原來他們都是羅菲博士所造的再造人。一位名叫 Ulf 的再造人帶領他回到他們的基地，在那裡有更多的再造人在工作著，原來他們正進行著一項更加強再造人力量的實驗。大明看到許多再造人在實驗中因負荷不了而死去，鐵雄正好在這個時候呼召大明回 G-Town 集合。同時，惡魔黨已經注意到了這個再造人的基地並知道他們的計畫。

大明遇見了Ulf 。

珍珍和阿龍專心地聽著簡報。

惡魔黨利用牽引隕石的系統，將隕石群引到羅菲博士的基地並摧毀了它。大明知道隕石群即將攻擊再造人基地，非常著急地回去，卻只找到重傷的Ulf交給他一個紀錄晶片後就死了。大明將晶片交給羅菲博士，氣憤地對他說：「雖然我已經是個再造人，但我並不想成為一個完全的再造人，我想過著像個正常人的生活！」羅菲博士毫不留情地說：「聽好了，大明，你的身體是由他們的血汗實驗中的成果而造來的，你必須為了他們的期待而成為更強的再造人！」為了不辜負再造人朋友們的犧牲，大明聽了羅菲博士的話並進行一項手術，將他的身體機能改造成更強，不但能抵抗強力的氣壓和高溫，還能把這些動能換成他自己的能量來使用。藉由手術的完成，他恰好及時趕到惡魔黨的基地裡救了鐵雄，並爆破了基地完成了任務。

大明表示自己並不想成為一個完全的再造人。

大明救了被射落的鐵雄。

南宮博士請小飛俠去迎接他的秘書—潘杜拉博士。為了掩人耳目，他們將潘杜拉博士和她的車放在卡車裡往 G-Town 前進。突然間，潘杜拉感覺到前面有危險而警告他們改變路線，於是他們半信半疑地改變路線朝沙漠而去，因此躲過了惡魔黨的伏擊。杜蘭沙只好下令用直昇機來攻擊他們。經過一番激戰，雖然卡車被炸毀，幸好潘杜拉博士的車子是有武裝且防彈的，小飛俠們最後還是殲滅了敵人，順利地回到了G-Town 。

潘杜拉博士突然告訴小飛俠離開原定的路線…

..駕車的大明，雖然不怎麼相信，但還是照做了。

南宮博士帶著潘度拉博士一同去調查地幔能源工廠外洩的意外。大明對於潘杜拉博士離去前的笑容一直感到懷疑，特別是當他聽到潘杜拉博士是一位再造人的專家時更有著不安的感覺。同時，總裁X對杜蘭沙的屢次失敗已失去了耐心，它發明了一項新武器，要利用杜蘭沙那異於常人的腦波來攻擊南宮博士。過了幾天後，基地接到南宮博士被暗殺的消息，並且已受了重傷，恐怕….

經過了一番激戰，他們還是順利地回到了G-Town。

南宮博士被暗殺了！？

旋風小飛俠們連忙趕到醫院探視南宮博士，然而潘杜拉博士卻宣稱有緊急任務要他們出動。大明早就懷疑她是兇手，衝動地想要為南宮博士報仇，鐵雄連忙阻止他。潘杜拉博士告訴他們目前唯一的線索，是循著發出神秘的腦波來源去探查。當小飛俠們前往探查的路上，卻接到了醫院告知南宮博士的死訊！大明不顧一切地趕回醫院要找潘度拉博士算帳，其他人也想回去見南宮博士最後一面，但鐵雄堅持先完成任務再說(甚至還打了珍珍一巴掌！)最後，他們終於找到了惡魔黨的基地並潛了進去。

鐵雄阻止大明殺潘杜拉博士。

大明用他自己的腦波對抗杜蘭沙。

惡魔黨利用杜蘭沙的腦波創造了一個怪物用來攻擊南宮博士，潘杜拉博士得知他們的陰謀，於是射擊南宮博士並讓他的腦波暫時停止，以阻止杜蘭沙發現他。大明得知真相後，馬上進入機器裡用他自己的腦波來和杜蘭莎對抗，同時，小飛俠們也破壞了惡魔黨的基地，並阻止了杜蘭沙的惡行。杜蘭沙逃走了，南宮博士也醒了，也還了潘杜拉博士的清白。不過，她卻不小心說出了一件事---大明其實是個再造人…..

杜蘭莎被自己的腦波反噬，自食惡果。

潘杜拉說出了大明是個再造人的事實…

大明突然被一位騎摩托車的神秘女子襲擊，她不願說明原因，只拋下一支羽毛鑣說：問這支羽毛鑣吧！就離去了。稍後，旋風小飛俠們奉命去調查聯合軍隊的坦克車隊失蹤原因。途中，神秘女子又出現要狙殺大明。原來她是.歐俊的未婚妻--Mako,惡魔黨殺了真的歐俊後，派人假扮成他而變成了旋風小飛俠新的G-2號，但被大明識破而用羽毛鑣殺死，而惡魔黨卻告訴  Mako 大明是為了自己要回到旋風小飛俠而殺死歐俊。

Mako 在大明執行任務途中攔下他

珍珍發現惡魔黨的基地入口並進入破壞其心臟部位

大明告訴 Mako事實的真相。並交給她歐俊臨死前扥他帶給她的一條項鍊。躲在附近的惡魔黨間諜見事機敗露，要殺大明反而也喪生在羽毛鑣下。阿丁不小心被惡魔黨的死光砲擊落，珍珍趕去救他時無意中發現了惡魔黨秘密基地的入口，並獨自衝入破壞其心臟部位。再加上鐵雄的協助將整個基地摧毀。

大明告訴 Mako真正的歐俊臨死前的情形

大明洞悉惡魔黨間諜的陰謀

惡魔黨在喜馬拉雅山的K3主峰建造了一座秘密基地。從那裡，一座核能岩漿巨炮能穿透地球，並攻擊世界上任一個城市。 唯一能滲入該基地的方法就是從最險惡且從沒有人成功過的北壁攀登上去--只有再造人身的大明能挑戰那3000公尺的垂直高度且終年被磁氣暴風雪圍繞的任務。然而，鐵雄知道南宮博士要大明單獨去執行任務時感到很生氣，因為旋風小飛俠應該是集體行動的，不能因為大明是再造人就讓他單獨去執行危險的任務！

鐵雄對於南宮博士單獨對大明下任務而感到生氣

大明非常粗魯的拒絕珍珍欲提供的協助

當其他人追上大明要一起去時卻被他無情的拒絕了，只有珍珍不死心的跟上來。然而因為珍珍一個不小心讓惡魔黨發現了他們的蹤影而想要用人工雪崩殺死他們，雖然僥倖逃過一劫但兩人卻被凍得動彈不得。當他們被惡魔黨包圍時，鐵雄、阿丁、阿龍及時出現了，並摧毀了核能炮和惡魔黨基地。珍珍甦醒後表示是大明的體溫救了她，他並不是機器人而和以前一樣有顆最溫暖的心。大明也因她的真情而重拾身為人的感覺。

大明設法保護被凍僵了的珍珍

鐵雄射擊核能巨炮而將其爆破

阿龍因為聽說父親受傷而駕著G-5號坦克返鄉探視。然而，惡魔黨卻陰謀破壞海底的天然瓦斯帶想要讓整個大陸沉下去。阿龍在途中看到海底出現奇怪的瓦斯氣泡時趕緊稟告南宮博士，他叫阿龍放心回家並派新鳳凰號出動調查。當杜蘭沙看到G-5號坦克時以為旋風小飛俠已知道他們的計劃，因此派了惡魔黨員到村裡尋找。阿龍為了不暴露身分而假裝懦弱害怕，卻被其父親和弟弟誤會而瞧不起，但惡魔黨並沒有上當而抓走了他們。

阿龍高興的擁抱爸爸和弟弟

隱藏在海底的天然瓦斯帶

當阿龍跟蹤他們伺機要解救其父親和弟弟時，發現了惡魔黨的基地原來就隱藏在一艘油輪裡。杜蘭沙用他們當人質逼阿龍出面投降，但在阿龍正要就範時，其餘的小飛俠駕著小型潛艇出現，並幫助阿龍救出了他的親人及粉碎了惡魔黨的陰謀。不過阿龍的爸爸和弟弟也因此知道了阿龍就是G-5號的身分。

阿龍因為害怕身分曝露因此被打也不敢還手

阿龍救了其家人

在 G-Town的甲板上，剛改良過的老鷹號正由鐵雄準備起飛測試中，測試結果非常令他滿意。當他正陶醉在老鷹號的新性能所帶來的快感時，卻沒發現自己已因闖入惡魔黨的一處秘密基地範圍而被其防衛飛彈鎖定，並被擊落。他雖然勉強平安降落，但通信手環已損壞，無法聯絡及變身，更糟的是，他還受了傷。幸好一名住在當地名叫 Peter的男孩救了他。

Peter 看到了快要墜毀的老鷹號

鐵雄將小型發信器放在信鴿身上

Peter 和他的姊姊幫鐵雄包紮傷口並將他藏在一間柴房中。鐵雄將通信手環中的一個小型發信器取出放在Peter的信鴿上，並將牠放出去求救。但同時，Peter和他的姊姊卻被惡魔黨懷疑而將他們抓起來逼問鐵雄的下落。還好被截到鐵雄信號的其他小飛俠救出也因此而找到了鐵雄。鐵雄並帶著大家登上新鳳凰號將惡魔黨的基地爆破。但再一次，杜蘭沙又丟下了她的下屬成功的逃脫了。

Peter 和他的姊姊被其他小飛俠救出

大家順利找到了鐵雄

根據情報，惡魔黨建造了一處秘密基地在安地斯山脈的某處。鐵雄和阿龍喬裝成當地人為了與接頭者Yupanki聯繫。但因誤喝了惡魔黨在當地的飲水中下過藥的水而失去記憶。鐵雄在恍惚中遇見一個瀕死的男人，他說一個叫Yupanki的人臨死前拜託他做一件事。. 鐵雄覺得曾聽過這個名字，卻不記得要做什麼。因此他只好遵照這個男人的遺言將一枚銀幣送去給他的女兒—Kena。

鐵雄與阿龍在與村民同樂時，不慎誤喝遭惡魔黨下藥過的水。

鐵雄遇到已死的 Yupanki 和瀕死的男人

後來，鐵雄因為不知該何去何從而住在Kena家中，兩人並墜入愛河。同時，大明他們找到了同樣喪失了記憶的阿龍，珍珍並發現了解毒劑將他治好。而鐵雄因為被毒蝎螫到而以毒攻毒的恢復了記憶力。 他並請Kena拿出銀幣而發現了粘在裡面的惡魔黨秘密基地的地圖。當他們完成了摧毀惡魔黨基地的任務時，也是鐵雄忍痛和Kena道別的時刻…(註：Kena原指住在安地斯的印地安人使用的一種樂器，狀似笛子)。

鐵雄與Kena相戀

大明、珍珍和阿丁發現了失去記憶的阿龍

在 New Joke突然發生了大地震。但不只當地居民，連杜蘭莎也嚇了一大跳—她並未下令攻擊，而是另一位惡魔黨指揮官 Panther私自下令。他說服杜蘭莎一起參與這個計劃並讓總裁X知道她的能力。旋風小飛俠馬上抵達現場調查。大明、珍珍、阿龍發現了一個地下的飛彈發射工廠，卻因為碰上飛彈發射到地下瓦斯帶而產生的地震，被倒塌的教堂壓在地下而生死未卜。

南宮與潘杜拉博士解釋整個局勢

大明、珍珍、阿龍發現了地下飛彈發射工廠

南宮博士命令鐵雄和阿丁立刻趕到Rodo Island去破壞惡魔黨發射發彈的指揮基地--雖然他們不願意離開他們受困的同伴，但惡魔黨的鐵獸 Mechasatan已經出現！鐵雄駕著新鳳凰號繞過鐵獸發射雷射光線的死角，從它的腹部直接穿進去而進入鐵獸內部，並和 Panther展開一場生死決鬥。雖然這場決鬥是鐵雄勝了，並成功的爆破了惡魔黨的鐵獸，且大明、珍珍、阿龍也都順利獲救, 但這一役旋風小飛俠們每個人都受了傷，而只有南宮博士知道他們用生命來捍衛地球的辛苦與決心…

鐵雄也被倒塌的建築擊中而受傷

鐵雄與Panther決鬥

  惡魔黨在他們位於亞馬遜河上游的基地中秘密製造了一個新武器。為了預防入侵者，這個基地同時也被一種機械藤蔓植物圍繞保護著。阿丁駕著G-4號在河上巡邏時突然遭受攻擊，並被擊落掉進水中被食人魚追咬，還好一群當地的小孩子們救了他。.其他小飛俠們找到了阿丁的飛燕號以及他掉落的通訊手環，並把它們還給阿丁。鐵雄命令阿丁留守營地，其他人則進入叢林調查。但阿丁卻為了尋找傳說中的藍色蘭花而和那些孩子們也偷偷的進入了叢林。

阿丁被食人魚追咬著

鐵雄責怪阿丁不應該弄丟了通訊手環

阿丁他們發現了惡魔黨的軍隊，並偷偷跟蹤他們，而看見了一個狀似水上運輸機的新鐵獸。然而他們也因被惡魔黨發現而被抓起來餵食人魚，還好鐵雄他們即時趕到並救了他們。,惡魔黨用新鐵獸攻擊新鳳凰號，新鳳凰號幾乎無力招架，還好最後鐵獸因為其系統的不穩定而自取滅亡。

珍珍和大明對抗機械藤蔓植物

阿丁和其他孩子被抓了起來

大明無意中救了Kaiser的兒子，兩人因此成為了朋友，Kaiser並畫了幾張大明和他兒子一同玩足球的素描要送給他。但Kaiser 以前卻是一位惡魔黨的隊長，並且是唯一一位會操縱大頭目遺留下來的一種叫做 Mechavolton武器的人，這種武器可以在高空中對付新鳳凰號的火鳥功。 惡魔黨藉由威脅要對Kaiser的妻兒不利逼迫他重新加入惡魔黨，並駕著鐵蝙蝠鐵獸攻擊城市，誘使旋風小飛俠出來。

大明看著Kaiser 作畫

珍珍將大明的素描畫貼在牆上

新鳳凰號出動迎擊鐵蝙蝠，但抵不過其冷凍瓦斯炮的襲擊。為了突圍，他們使出火鳥功，但卻中了計。當 Kaiser 發射 Mechavolton, 時，終於擊落了新鳳凰號。千鈞一髮之際，他們逃出了新鳳凰號，並潛進了惡魔黨的秘密基地。.在打鬥中，大明發現了Kaiser，卻下不了手殺他。為了贖罪，Kaiser 按下了自動爆炸裝置，並打算與基地同歸於盡，但大明硬將他救了出來。〝你為什麼要救一個惡魔黨員？〞〝因為我也是惡魔黨員的孩子〞大明回答他。

新鳳凰號中的一切都被凍住了

大明救了Kaiser

在ISO位於Siberia的地下都市突然發生了大爆炸，並造成了高度危機的放射能外洩的情況。肇事者是 Megatonra,，總裁X從外太空帶回並培養牠抵抗放射能的一隻怪物。Megatonra 並繼續破壞地下都市及吃掉放射能。這個城市的設計者Mary博士不幸在意外中喪生，Dr.Horin則是她的丈夫，他帶著鐵雄一起進入地下都市了解損害情形。

鐵雄前往地下城市

和Dr. Horin (左者)會合後出發

  Dr. Horin,的兒子，Mark偷偷躲在車子後面跟去，他恨奪走了媽媽的地下都市並打算摧毀它。但當他看到怪物破壞了他媽媽的肖像時卻駕著探險車來保護媽媽所設計的城市，最後在Mark和新鳳凰號的夾攻下終於殺死了這個宇宙怪物。.

Mark 想射擊怪物，但…

.. 被擊昏了過去，鐵雄鼓勵他再試一次。

阿丁負責送一架探測器到ISO位於Rakki山脈的一座秘密實驗所。當他快要到時卻發生了地震，為了救一隻變成了孤兒的小豹，他放下了該做的事。等他到達時，實驗所已被這場不尋常的地震所摧毀了。當阿丁回到基地時，因去救小豹而延遲了任務的行為使他受到了大明和鐵雄的指責。更壞的是，被破壞的實驗所正滲出大量的沙林毒氣，為了調查這件事，大明和阿龍進入了實驗所，卻被第二次地震震倒的建築物困住，且受到毒氣的威脅。

阿丁將小豹帶回G-Town

鐵雄和大明對於阿丁因貪玩而誤了任務非常生氣

阿丁聽到這個消息，不顧鐵雄的阻止獨自前往救援，留下鐵雄和珍珍等待中和劑的完成。為了不受牽絆，他將小豹放回大自然。惡魔黨正打算將這個秘密實驗所改造成他們的基地，卻被阿丁一一打倒，還救出了大明和阿龍。但他們在逃脫的路上又翻車動彈不得且毒氣也漸漸滲透進來。危急中幸好鐵雄和珍珍駕著新鳳凰號趕到並投下大量中和劑才解救了他們。而大家也發現了阿丁長大且能獨當一面的事實。

鐵雄要求他們要等中和劑完成才能出動

沙林毒氣滲入G-5號坦克中

傳說中曾有惡龍出現的惡龍島又出現了怪象，南宮博士懷疑是人為因素而派旋風小飛俠去調查。但當惡魔黨的電磁龍鐵獸出現時，它發射出的電磁光使新鳳凰號受損而不得不返回基地。為了不與它正面攻擊，大明打算單獨潛進惡魔黨的基地並由潘杜拉博士載他前往惡龍島。.

大明打算單獨潛進惡魔黨的秘密基地

潘杜拉博士載他前往惡龍島

大明在惡魔黨的基地中發現了一個朝向太陽的巨大死光炮，同時潘杜拉博士也偷偷的潛進基地中但被發現而抓了起來。當她被押到電磁龍去見杜蘭沙時，大明也假扮成惡魔黨員一起進去，並用定時炸彈炸燬了惡魔黨的基地。當潘杜拉博士見到杜蘭沙時突然有一種似曾相似的感覺，但大明已將她救出來並破壞了電磁波的發射裝置，於是旋風小飛俠就用超級鳳凰飛彈炸燬了電磁龍鐵獸。

潘杜拉博士潛進惡魔黨基地但沒多久就被抓了

大明救了潘杜拉博士並和她逃出了鐵獸

惡魔黨為了開發新能源武器於是在直布羅陀海峽試爆核彈。南宮博士派旋風小飛俠前往調查，但大明卻駕著G-2脫隊單獨行動。沒想到新鳳凰號遭受到另一次核子爆炸所有人都昏迷不醒，而大明也受了傷無法正常行動。但他已進入了惡魔黨的控制區域中，且杜蘭沙懸賞厚金和權力給發現他的人。幸好一名曾遭受過惡魔黨迫害的吉普賽女郎Chinita,掩護他，並救他離開城市。

大明躲避惡魔黨的追捕

Chinita 發現大明躲在她的衣櫃中

Chinita之男友發現了這件事，一氣之下想殺大明卻誤傷了Chinita。大明悉心照顧著她，沒想到她的男友又去向杜蘭莎密報，於是杜蘭沙抓走了Chinita作為人質來威脅大明。 另一方面，G-Town潛進北非的海底並救起了旋風小飛俠們，當他們接到大明的消息時即趕來支援他。雖然最後他們制止了杜蘭沙的惡行，卻來不及在爆炸中解救Chinita 的生命。

大明救了Chinita並照顧她

大明來不及在爆炸中救 Chinita的性命

由潘杜拉博士領導的一項試驗發明了一種能讓人類和動物間心靈交流的機器。當他們在國家公園中和一些孩子們與小動物進行試驗時卻遭受到惡魔黨的攻擊，幸好旋風小飛俠們在旁護衛並解救了孩子們。同時大明接到了羅飛博士給他的訊息表示總裁X正在非洲的Kongal高地準備進行他的最後計劃，他決定單獨前往調查，卻不幸被抓並遭受杜蘭沙的拷打，不久，隨後來尋找他的珍珍和阿丁也被抓，並一起被吊了起來。

旋風小飛俠們在旁護衛實驗的進行

大明接收到羅非博士給他的訊息

動物們發現在他們的家附近有人類的血跡出現，於是傳達給潘杜拉博士，並帶著她進入那從未有人類進入的禁地。一隻大象帶頭闖進了惡魔黨的秘密基地並救了大明他們，當他們找到杜蘭莎並接近總裁X時，總裁X叫杜蘭沙打開死光炮的開關造成了強光和爆炸，並藉此和杜蘭沙一起脫逃。鐵雄教訓大明：『到底要我說多少次你才會聽，我不容許你這種單獨行動的行為？』大明雖低頭道歉，但在他心底的聲音是：『只有我才能戰勝總裁X，我不會讓你們來做這種犧牲的！』

大明、珍珍和阿丁被惡魔黨抓了起來

他們被動物們解救後一起去找杜蘭莎

為了杜蘭沙正在興建中的秘密基地，總裁X從總部的地底發射了一座火箭炮準備要架設在基地中。不料火箭炮卻撞擊到地殼而失去控制飛到地表並墬毀。為了保密，杜蘭沙取得了火箭中的硬碟程式後就將火箭炸燬，爆炸的意外卻波及到她的座機導致她的部下都喪生只剩下她一個人。另一方面，藉由人造衛星旋風小飛俠也知道了這件事，因此急忙趕至現場調查不明火箭的真相。

鐵雄想要通知其他人來支援卻發現無法通訊

杜蘭沙利用花豹襲擊鐵雄

鐵雄跟蹤著一些神秘的足跡卻意外碰上了杜蘭沙。而整座森林都被爆炸所產生的靜電籠罩著以至於無法通訊，鐵雄只好獨自繼續追蹤下去。兩人在森林中對決了幾回合，杜蘭沙還是逃脫了，但鐵雄也一路追到了她的秘密基地。當他被惡魔黨包圍住時，其他的小飛俠也循跡趕到，於是他們用龍捲風摧毀了這個基地。阿丁撿到了杜蘭沙的硬碟程式，藉由ISO科學家來研究，距離解答出每個秘密基地中為什麼都有一個謎樣的樑柱般的大砲的時間應該是不遠了。

旋風小飛俠正準備使出龍捲風絕招

阿丁撿到了火箭炮的硬碟程式

潘杜拉博士陪同南宮博士參加一項科學和平獎的頒獎典禮，受獎人是因為發明太陽望遠鏡的理察二世。當她看到理察時(杜蘭沙假扮的)卻有一種非常詭異的感覺，因此她決定夜探那戒備森嚴的天文台，不料卻發現了它是惡魔黨的秘密基地。她用小型照相機照下了一些機密文件，並報告南宮博士她的發現，結果卻被惡魔黨逮個正著。

潘杜拉博士用小型照相機照下機密文件

鐵雄救出了潘杜拉博士

當杜蘭沙瞄準潘杜拉博士時，卻同樣被一種詭異的感覺襲擊而下不了手，鐵雄衝入將潘杜拉博士救進了新鳳凰號。杜蘭沙發動了Mechaflasher來攻擊，卻因旋風小飛俠使出火鳥功而失敗，連基地也被摧毀了。藉由分析微縮膠捲中的文件，他們發現惡魔黨想要利用太陽來從事一項邪惡的計劃。但這終究還是沒有解答為什麼潘杜拉博士一看到杜蘭沙就會產生那種詭異的感覺？

當新鳳凰號變成火鳥時，旋風小飛俠圍住潘杜拉博士來保護她。

南宮博士和鐵雄告知潘杜拉博士她所拍的文件的分析結果。

一架正執行調查火星任務的人造衛星突然被炸燬，同時位於Solkila 島上的太空基地也被破壞。但這些都不是杜蘭莎做的，而她面對總裁X正考慮用別人來替換她的位置而必須更努力。當惡魔黨正要破壞第三個基地時，旋風小飛俠出面迎戰，卻被一架神秘的幽浮擊落。但他們還是駕駛著個人的交通工具繼續保護著第四個基地—它擔任發射無人探測太空船至火星的工作。

阿龍和阿丁眼見第三個基地被摧毀

新鳳凰號遭受神秘幽浮的攻擊

太空船發射升空不久後，就遭受到幽浮的攻擊而被摧毀。幽浮並且繼續攻擊基地而和旋風小飛俠展開對決，然後又突然消失不見了。負責幽浮的惡魔黨指揮官是Marstora.，他並且遵從總裁X的指示已在火星上建造了一個秘密基地。到底總裁X的目的是什麼？它想要對各行星做什麼事呢？

珍珍駕著她的摩托車與惡魔黨戰鬥

Marstora和杜蘭莎第一次見面

因為太陽受到刺激引發地球不尋常的氣候效應，南宮博士收集資料後得到一個結果：惡魔黨可能正進行一項恐怖的solarshifter 計劃來破壞地球。這個計劃是利用其位於火星、 Venus和地球上的秘密基地中的秤桿型巨砲一起對著太陽發射，引發恐怖的毀滅。因此鐵雄駕著太空船出發摧毀火星基地，其他人則負責摧毀地球上的基地。

南宮博士向旋風小飛俠們解釋著 Solarshifter 計劃

大明祝鐵雄好運

但摧毀地球基地的任務\卻失敗了，拯救地球的重任就落在鐵雄的肩上。當他到達火星時即和Marstora駕駛的幽浮展開一場追逐戰，在戰鬥中他發現了惡魔黨的基地原本發射飛彈要炸掉它，卻過不了基地的防衛系統，於是他巧妙地藉由分離太空船的一部份誘導防衛系統，再同時炸掉了幽浮和基地，大獲全勝。不過他也被爆炸的強烈氣流導致太空船失去了動力而漂流在太空中….

鐵雄準備發射出發至火星

南宮博士和鐵雄失去了聯絡

雖然鐵雄拼死破壞了惡魔黨的火星基地，但總裁X並不死心，他要求Marstora在三天內恢復火星基地並且照預定計劃對太陽展開攻擊。 同時，一架救援火箭正預備出發援救鐵雄，大明未徵求南宮博士的同意私自登上火箭，並使用紅外線夜視望遠鏡，終於找到了鐵雄。

旋風小飛俠擔心著鐵雄的安危

大明冒著危險使用紅外線夜視望遠鏡

但紅外線卻導致大明的眼睛受損而看不見。同時間，惡魔黨的地球基地大砲正朝著太陽發射而導致太陽的溫度急劇上升，地球上的溫度也在上升中。珍珍和其他人雖然發現了惡魔黨的基地卻攻不進去，正束手無策間，鐵雄駕著救援火箭以垂直角度朝著惡魔黨的基地而去，並且將大明送進逃生艙自己也跳出了火箭，火箭順利穿越基地的死角並且將其炸燬。旋風小飛俠又再一次的暫時阻止了總裁X的野心。

鐵雄和大明一同返回地球

鐵雄在火箭炸燬惡魔黨基地前即時逃出

ISO正在研發一種可以搜尋惡魔黨的雷射光炮的太空雷達，但被惡魔黨察知這個計劃而攻擊ISO，造成安德遜長官受重傷。杜蘭沙因為想找出鐵雄的真面目而接二連三的攻擊ISO的職員中看起來像鐵雄的年輕人，鐵雄心中對於這些無辜犧牲的人感到很愧疚。Sam是安德遜長官的孫子，為了想替祖父報仇而假裝為鐵雄被抓走，並受到殘酷的拷打。

鐵雄無意中遇見Sam

Sam被杜蘭沙當成鐵雄而抓走

鐵雄偽裝成惡魔黨黨員並秘密潛入惡魔黨基地，但被杜蘭沙發現，他取下面具後再變身為火鳥裝來拯救Sam，雖然順利救出了他但也被杜蘭沙看見了他的真面目。杜蘭沙撂下話表示既然看到了他的真面目，下次一定能成功擊敗旋風小飛俠！同時惡魔黨的基地變成了Sentango 怪獸，鐵雄駕駛老鷹號與其奮戰終於將它炸燬。但大家都擔心著鐵雄的安危，不知下次惡魔黨將又使出什麼樣的邪惡手段呢？

鐵雄喬裝成惡魔黨員潛進其基地並取下了面具

大明和Sam看著鐵雄駕駛老鷹號擊敗了鐵獸

受攻擊太陽計劃的影響導致的氣候突變，北極的冰山也接二連三的融化，為了阻擋一座大冰山，連G-Town也出動了。惡魔黨的突擊隊趁著潘杜拉博士外出參加會議時潛進G-Town中， 並破壞了動力系統。雖然突擊隊最後被旋風小飛俠所消滅，但G-Town已經失去了控制，並跌入了深海溝中，惡魔黨的鐵獸還用一座大冰山壓在G-Town的上方，使其動彈不得。

鐵雄和大明決定對潛入G-Town的惡魔黨突擊隊採取行動

珍珍與惡魔黨搏鬥中。

這就是杜蘭沙的『海牙行動』計劃。G-Town的唯一希望只剩下潘杜拉博士了。她依照指示來到了南宮博士的別墅中鳳凰號的機庫，將鳳凰號駛出並用火鳥功融化了壓住G-Town的大冰山。但因為杜蘭沙的攻擊而瀕臨墜毀，幸好新鳳凰號衝出海面，並也化成了火鳥共同炸燬了杜蘭沙的鐵獸。在陰暗的天空中只見2隻火鳥並肩翱翔，飛向天際！

潘杜拉博士收到求救訊號

2隻火鳥摧毀了惡魔黨的鐵獸後並肩翱翔於天際

地球上到處爆發了嚴重的天災導致民不聊生，為了掌握情況，ISO的人員也四處調查災情。但ISO總部卻被杜蘭沙佔領並宣告她稱霸世界的野心。並俘虜了南宮博士拷問他用來探測惡魔黨巨炮的特殊雷達放在哪裡？但突然來襲的海嘯讓他們都大感意外。

潘杜拉博士感覺到杜蘭沙就在附近

旋風小飛俠潛進ISO總部搭救南宮博士

潘杜拉趁機拾起地上的槍對準了杜蘭沙，但兩人再度都感到了在她們之間的那股奇怪的感覺。杜蘭沙趁她分心逃走了，南宮博士也撤退到頂樓守著特殊雷達。但杜蘭沙又用心電感應找到了他們，幸好旋風小飛俠即時趕到，將南宮博士他們以及特殊雷達救出，不過只能眼睜睜的看著ISO總部被大海嘯淹沒….

旋風小飛俠即時趕到救援

ISO總部被大海嘯淹沒…

總裁X最怕的人就是G-2號兀鷹大明和羅飛博士，因此，他認為在他的計劃被發現前必先除去這兩個人。惡魔黨選擇在大明未變身前對他展開攻擊，大明在戰鬥中失去了他的手環通訊器，並受了傷元氣大傷。他駕著飛機來到了羅飛博士的基地-- Ebiza 島想要充電，不料飛機已被惡魔黨裝上了追蹤器並早他一步到達島上摧毀了基地，讓大明無法充電。

大明覺得元氣大傷

惡魔黨埋伏在島上等著大明到來

受了傷又失去能源的大明尋找著失蹤的羅飛博士，羅飛博士真的握有總裁X的秘密嗎？但他也在惡魔黨的攻擊中受了傷。他向旋風小飛俠求援，並引導他們前來，但就在鐵雄找到他時，一名惡魔黨員開槍射中了羅飛博士的要害！他臨死前留下了奇怪的遺言：總裁X就在隕石山…只有大明能摧毀他…。大明想要殺那名惡魔黨員為羅飛博士報仇，卻被鐵雄所阻止。到底，大明藏著什麼樣的秘密呢？

旋風小飛俠抵達島上救援羅飛博士

羅飛博士交給鐵雄一捲內有總裁X秘密的錄音帶

杜蘭沙對於自己為何沒有童年的記憶感到很奇怪，於是詢問總裁X，得到的回答是：因為妳是在快速生長機器中長大的，所以妳當然沒有童年的記憶！原本妳和父母親搭乘的豪華客輪因意外而沉沒，他們當然已經死了，就算還活著，他們也不認識妳。妳現在已經快要征服地球了，別去想這些沒有用的事了！杜蘭沙不死心，找出瑪格麗特號當年的乘客名單，赫然驚訝地發現—她是潘杜拉博士的女兒！！總裁X利用潘杜拉博士想念女兒的心態將她騙到基地中，並且承諾杜蘭沙如果潘杜拉願意加入惡魔黨，就會讓她們母女團圓！

杜蘭沙發現潘杜拉博士原來是她的親生母親！

母女相會的一刻…

同時間，旋風小飛俠們也發現了這個惡魔黨基地。當她們母女相會時，潘杜拉博士拒絕接受惡魔黨的野心家竟然會是她的女兒！更說寧可相信女兒已經死了，也不會接受杜蘭沙！總裁X打斷她們，告訴杜蘭莎小飛俠已經潛進來了，趕緊迎戰。當杜蘭莎發現不對勁趕緊又回來時，總裁X已經將潘杜拉博士放進一個火箭，並發射至高空中爆炸了！杜蘭沙一路在後面哭喊叫著：媽媽~媽媽~直到此刻，她內心深處的人性才被喚醒，但已經後悔莫及了…

鐵雄問杜蘭沙把潘杜拉博士抓到哪裡？

杜蘭沙眼見母親被炸死…

杜蘭沙傷心地看著往日的相片尋找對於雙親的記憶，而小飛俠們也傷心著潘杜拉博士之死。南宮博士為大明檢查身體時赫然發現他的體內裝置著一顆炸彈，當遇到總裁X時就會爆炸，這就是為何羅飛博士臨死前說只有大明才能阻止總裁X的原因。小飛俠們出動去找總裁X，留下大明，但他還是偷偷跟去，卻在半路因能量耗盡而昏倒！同時，南宮博士也告訴其他小飛俠大明體內有個炸彈的事實！

南宮博士為大明作身體檢查

大明不願意留下來治療

旋風小飛俠們找到了惡魔黨的基地，卻陷入了苦戰。杜蘭沙終於知道了總裁X只想摧毀地球，並不是要征服地球。當所有的攻擊太陽行動都準備完成，進入倒數計時時2..1..0，總裁X按下了按鈕，但並沒有發生任何事？！原來是杜蘭沙將主要的連接阜都拔掉了，讓電腦無法連線，當然就無法發生作用了。總裁X震怒，下令將杜蘭沙抓起來，她卻趁著旋風小飛俠爆破基地時逃走，旋風小飛俠也一路尾隨著她想找出惡魔黨的總部…

珍珍聽到大明體內有顆炸彈時非常驚訝！

杜蘭沙將所有的連接阜拔掉，讓攻擊行動無法進行。

太陽攻擊計畫仍持續影響著地球，造成更大層級的傷害。杜蘭沙已經被惡魔黨列為通緝犯，鐵雄追上了她，要她帶他至總部，大明也跟了上來，並將鐵雄打昏，不想讓他去作無謂的犧牲。大明已經在能源工廠充好電並準備與總裁X同歸於盡。鐵雄醒來後，發現地上的血跡，於是和其他人也找到了惡魔黨的總部。珍珍要鐵雄趕緊去找大明，其他人則交給他們對付，鐵雄發現了受傷的杜蘭沙和大明，還有仍然野心勃勃的總裁X。當他們接近它時，強大火力的防衛功能讓鐵雄無法靠近，幸好杜蘭莎指出它的心臟部位，並表示只要攻擊那裡即可消滅總裁X！ 總裁X氣得再度射殺杜蘭沙。

大明在能源工廠充電

大明欲奔向總裁X並啟動他體內的炸彈。

大明和鐵雄兩人同時對總裁X發出致命的一擊！鐵雄的迴旋標較早擊中其心臟部位，所以大明體內的炸彈並未爆炸。總裁X發出了垂死的怒吼，整個惡魔黨總部也炸燬了。所有的人都順利逃出，咦，杜蘭莎呢？

杜蘭沙拼著最後的一口氣爬上了山丘，看到了地球是如此的美麗，她倒下時聽到了潘杜拉博士的聲音來迎接她，母女兩人終於重逢相聚在一起了！地球又再一次得到了和平…

不過，在總裁X的殘骸中，有一小塊碎片發著紅光，悄悄地凝聚力量，莫非…

杜蘭沙告訴鐵雄總裁X的心臟部位。

杜蘭莎終於和媽媽重逢了！